Na gruta do Alviela monitorizada por esta câmara existem 12 espécies diferentes de morcegos, chegando a concentrar-se cerca de 5000 indivíduos na época de reprodução. Esta gruta possui também a mais importante colónia de morcego-lanudo de Portugal.Estas são as espécies existentes na gruta:
- Morcego-de-peluche
- Morcego-rato-grande
- Morcego-lanudo
- Morcego-de-ferradura-mediterrânico
- Morcego-de-ferradura-grande
- Morcego-de-ferradura-pequeno
- Morcego-rato-pequeno
- Morcego-de-franja
- Morcego de Bechstein
- Morcego-de-ferradura-mourisco
- Morcego-hortelão
- Morcego-de-água
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